É obrigatória a impressão do comprovante de pagamento com o CNPJ no POS? Em caso positivo, quem imprime o comprovante de pagamento no ECF deverá deixar de adotá-lo para passar à adoção do comprovante impresso no POS com CNPJ?

Não, o contribuinte poderá optar por um ou por outro método.
Fundamento: Artigo 251, §2º e §6º do Regulamento do ICMS 

Fonte: Sefaz SP e Blog do Faturista